在《海军罪案调查处：幽灵船谜案》中，NCIS团队接到一起离奇案件：一艘退役驱逐舰在深夜被发现漂浮于大西洋，全舰官兵神秘失踪，仅留下一具不明身份的尸体。吉布斯带领团队登船调查，发现船舱内布满诡异符号，电子设备全部失灵，而尸体上竟有放射性灼伤。随着调查深入，他们发现这艘船曾参与冷战时期的秘密核试验，失踪船员可能遭遇了某种未知辐射武器。更令人震惊的是，一名潜伏于海军高层的间谍正企图利用这一技术发动恐怖袭击。吉布斯必须在时间耗尽前揭开幽灵船真相，阻止一场足以毁灭整支舰队的灾难。本片融合悬疑、动作与科技元素，深入探讨人性在极端环境下的抉择。